Le climat de Puerto Morelos est tropical, chaud toute l'année, avec une saison étouffante et pluvieuse de mai à octobre, et une saison plus fraîche, et aussi relativement sèche, de novembre à avril. Cependant, même dans cette saison, des pluies peuvent se produire, en plus du vent et des bancs de nuages, surtout en décembre et en janvier.
La ville est située sur la côte du Yucatan, 30 km au sud de Cancún.
L'hiver est généralement chaud, mais parfois, de la mi-novembre à la mi-mars, il peut y avoir des jours frais et venteux, lorsque le vent des États-Unis souffle (el norte). La température peut descendre à 10/12 °C la nuit, et peut rester autour de 20/22 °C pendant la journée.
De juin à novembre (mais avec une probabilité plus élevée d'août à octobre), il y a le risque des ouragans.
La température moyenne du mois le plus froid (janvier) est de 23,5 °C, celle de la période la plus chaude (de juin à août) est de 28,5 °C. Voici les températures moyennes.

Les précipitations totalisent 1 220 mm par an : elles sont donc assez abondantes. Dans le mois le moins pluvieux (mars) il tombe 40 mm de pluie, dans les plus pluvieux (septembre, octobre) il tombe 185 mm. Voici les précipitations moyennes.

La température de la mer varie entre 26 °C et 29 °C. Elle est donc assez chaude pour la baignade toute l'année. Voici les températures moyennes de la mer.

Quand partir

Le meilleur moment pour visiter Puerto Morelos va de la mi-mars à la fin mai, étant une période chaude, ensoleillée et relativement sèche. En avril un peu de chaleur étouffante commence à se faire sentir, et en mai les premiers orages peuvent se produire. En hiver, de décembre à la mi-mars, on peut très bien trouver une semaine chaude et ensoleillée, mais d'autres fois il peut y avoir quelques jours avec du vent, des nuages et de la pluie. Jusqu'en mars, lorsque le norte peut arriver, il peut faire frais la nuit, de sorte qu'il sera préférable d'apporter un sweat-shirt pour la soirée.